中非交通大学采取校企合作、中外联合办学模式，由中土集团、长安大学和外方大学三方联合成立董事会，决策重大事项。董事会下设运营管理团队，负责组织开展教育教学活动、处理学校日常各项工作。

中土集团负责交通大学基础设施建设及资金投入，负责与当地政府对接协调，统筹内嵌属地高校联合办学、校园建设、实习实践基地建设等；负责提供长安大学在尼日利亚调研及筹建期间的各项便利条件和服务保障。

长安大学承担境外办学主体责任与义务，与尼日利亚联邦政府和当地具有法人资格的教育机构（属地大学）合作，联合开展境外办学，实施高等学历教育的教育教学活动(包括提供学位授予权、运营管理、教学管理、制定培养方案和师资组织等工作)。

同时，双方积极寻求与尼日利亚当地高等院校在教学、师资、科研和实验室建设等领域展开充分合作，实现资源互补，尽早融入当地社会和文化。